이후에도 여성 목사 안수와 사역을 둘러싸고 찬반 논란은 계속됐다. 1996년부터 게이트웨이 침례신학대학원(Gateway Baptist Theological Seminary)의 교수였던 리차드 R. 맬릭 주니어는 1998년 5월 뱁티스트 지(Baptist Press)에 “여성 목회자, 성경은 무엇을 가르치고 있는가?”를 기고해 여성 목사 안수를 비판했다. 그 당시 신약 성서학 교수였던 맬릭은 남침례회 역사에서 수 세기 동안 대다수의 신학자들은 여성 목사 안수를 허용하지 않았고 최근 몇몇 교회들이 여성들을 목사 안수하는 것은 성서적이지 않다고 주장했다.
맬릭은 여성 목사 허용 문제는 동등한 가치(여성은 열등하고 남성은 우월한)나 효과적인 사역의 문제가 아니라 성경의 말씀에 대한 헌신의 문제라고 주장했다. 여성 목사 허용을 반대하고 있는 신약성서의 구절들(디모데전서 2장 12절, 고린도전서 14장 34∼35절)은 구원론적인 문제(칭의에 있어서는 남성과 여성은 동일하다)에 있어서는 차별이 없으나 교회의 질서에서는 심각한 문제를 초래한다고 주장했다. 앞의 두 구절은 특히 교회의 질서 문제를 다룬 것으로 성경은 가정과 교회의 위계질서를 엄격히 규정하고 있다고 맬릭은 해석했다. 올바른 가정 질서를 위해 아내는 남편에게 복종해야 하듯이, 교회의 리더십에서도 남성이 우선해야 한다는 것이었다.
드디어 1984년 연차 총회 결의안의 영향으로 2,000년에 개정된 침례교 신앙고백서에 여성 목사 안수를 강력히 금지하는 안(案)과 가정에서 남편의 권위 안(案)이 첨가․통과됨으로 논쟁은 더욱 거세졌다. 2000년에 개정된 신앙고백서는 남침례회의 역사에서 중요한 전환점으로 교단의 정체성을 규정하는 기준으로 사용됐다.
이 신앙고백서는 신학적으로는 보수적이었으며 성 역할에 있어서는 전통적인 입장을 고수했다. 이러한 입장 변화는 관련된 성경 구절을 어떻게 해석해야 하는지 그리고 역사적인 침례교 전통에 대한 해석 차이로 큰 논란을 불러일으켰다. 이 개정된 신앙고백서는 “목사의 직분은 성경에 의해 자격을 갖춘 남성에게만 제한된다”고 명시하고 여성 목사 안수를 금지한다고 공식적으로 규정했다. 앞선 1998년 총회(유타 주 솔트레이크 시) 결과, 1963년도에 개정․채택된 17개 항의 신앙고백서를 35년 만에 개정해 1개 항(18항 ‘가정과 가족’)을 추가, 총 18개 항으로 채택했다.
개정된 2000년 신앙고백서에서 교회의 직분에 대해 추가된 내용은 다음과 같다:
“교회의 두 가지 성경적 직분은 목사/장로/감독과 집사의 직분입니다. 남성과 여성 모두 교회에서 섬길 수 있는 은사를 받았지만, 목사/장로/감독의 직분은 성경에 의해 자격을 갖춘 남성으로 제한됩니다.”
하지만 목사의 직분을 남성만으로 제한한 이 2000년 신앙고백서는 그 해석과 적용에서 다양한 적용의 가능성을 내포하고 있었다. 그것은 여성이 담임목사가 되는 것은 허용되지 않으나 남성인 담임목사의 권위 아래서라는 조건에서 부목사, 교육목사, 행정목사, 음악목사, 청소년 및 어린이 사역 목사, 여성을 위한 목사 등에서 여성이 목사가 되는 것이 가능하다고 주장하는 교회들이 등장하게 됐다.
남침례회에서 여성이 교회를 대표하는 메신저(남침례회에 속한 교회들이 매년 총회에 파견하는 대표자들)의 역할을 시작한 지 100주년 되는 해인 2018년 텍사스 주 댈러스시에서 열린 교단 연차 총회에서 여성 목사 허용과 사역을 촉구하는 목소리가 분출됐다. 주요 주장은 하나님께서 여성들을 부르시고 은사를 주셔서 그동안 사역, 전도, 제자를 삼는일 등에서 중요한 역할을 수행하게 하셨다는 것이다. 뿐만 아니라 여성들은 남침례회 역사 속에서 선출직, 위원회, 이사회, 봉사, 선교 교육, 고등교육, 지역교회에서 다양한 방식으로 섬겨왔다는 것이다.
이러한 주장에 힘입어 2018년 결의안의 마지막은 이러했다: “우리의 협력 사명인 지상명령 사업에 대한 여성들의 헤아릴 수 없는 공헌을 기리며 … 우리는 모든 남침례교인들이 성경적으로 적절한 방식으로 여성들의 다양한 은사, 부르심, 그리고 공헌을 격려하고, 육성하고, 축하할 것을 촉구한다.”
2019년 2월에 버지니아의 한 소아병원 원목인 크리스티 에드워즈는 설교단 대부분이 남성의 목소리로 채워진 현실을 비판하고 여성의 시각으로 해석된 설교를 여성들은 듣고 싶고 이것을 막는 것은 교회 안의 일종의 “학대”라고 주장했다. 그해 5월에는 피기 헤임즈라는 여성도 남침례교에 속해 있는 여성들은 하나님의 부르심을 받았지만, 여전히 고통 중에 있다고 주장하고 가말리엘처럼 하나님의 부르시는 영을 방해하지 말라고 주장했다.
그리고 그 어떤 반대에도 하나님의 영은 방법을 찾으신다고 주장했다: “우리는 우리가 필요한 곳에 아직도 있지 않지만, 현재에도 그곳에 있지 않습니다.” 하지만 2000년 개정안으로부터 남성의 권위 아래서라는 제한된 조건 아래서 여성들의 사역이 가능하다고 생각하는 교회들이 늘어나기 시작했고, 그에 따라 몇몇 교회들이 여성에게 목사 안수를 주기 시작했다.
