부동산의 처분시 양도세 비과세의 요건(법인세법 4조 3항 시행령 제3조 2항)

1) 교회는 법인으로 보는 단체의 형식적 요건을 갖춰야 한다.
교회부동산 처분의 경우에 비과세를 적용받기 위해서는 교회설립시 정관상의 설립주체가 회원의 조직 혹은 재산으로 이뤄진 법인이어야 한다. 이는 교회가 사단조직 혹은 재산이 갖춰져 있고 의사결정이 사단조직 혹은 이사회를 통해 이뤄지며 대표자가 선임이 됐다는 것을 정관을 통해 알 수 있는 것을 전제로 한다. 쉽게 표현하면 교회의 정관에 사무처리회가 존재하고 담임목사를 대표로 지정하는 경우 혹은 교회 명의로 부동산을 가지고 이사회로 운영하는 경우로서 국세청으로부터 고유번호증의 사업자 형태가 ‘82’로 발급 받은 경우이다.

2) 3년 이상 정관상의 목적사업에 계속 사용할 것
① 해당 부동산은 부동산 처분일을 기점으로 소급해 ‘계속 3년 이상’을 정관상의 고유목적에 사용됐어야 한다. 계속된 3년의 기간에 중단이 있으면 안되고 연속이 돼야 하는 것에 주의를 기울여야 한다.

② 정관상의 목적사업 : 교회는 정관상의 목적사업을 정할 때 국가의 주무부서가 승인을 하는 절차를 하지 않기 때문에 설립시 임의로 구성을 한다. 그래서 정관상의 목적사업이 종교단체가 근본적으로 추구하는 목적에 부합하지 않는 경우가 있다. 대표적으로 사회복지사업이나 구제사업은 종교의 목적사업으로 간주하지 않는다. 교육사업도 주의를 기울여야 한다. 취득세의 감면을 설명했던 부분에서 열거한 목적사업에 중점을 둬야 하고 그 외의 경우에 사용되는 부동산은 양도세 과세대상이 됨을 명심해야 한다.

3) 기타
교회의 고유번호증 사업자 ‘82’ 유형은 부동산 양도시 비과세를 우선적으로 검토하고 예외적인 경우가 발생시는 비종교 목적사용과 수익사업에 의한 법인세과세를 검토하는 것이 정당하다. 현실에서 상담을 하다 보면 양도소득의 과세와 비과세의 사이에서 혼란을 가진 경우를 자주 발견한다. 전문가라 하더라도 과세와 비과세에 대한 법리적 기초를 충분히 이해하고 그런후 양도관련 예규와 판례를 분별력을 가지고 분석해야 한다. 그런데 오해를 불러일으키는 판례들도 많다보니 신중을 기해야 한다. 그리고 종교법인과 그 소속단체들이 사업자 ‘82’ 유형을 가지고 양도소득의 비과세 처리를 하는 경우에는 상증법상의 출연 재산보고와 외부전문가 세무확인의 해당 여부에 집중해야 할 것이다.

2. 고유번호증 사업자 ‘89’ 유형의 교회와 사업자 ‘82’ 유형의 교회 중에서 비과세 요건을 갖추지 못한 부동산의 처분과 수익사업용 부동산의 처분시 법인세 신고와 상증법상의 출연 재산보고.

1) 사업자 ‘89’ 유형의 부동산 처분시 처분이익의 소득세법상 양도세 신고 처리
국세기본법 제13조 법인으로 보는 단체는 고유번호증 사업자 ‘82’ 유형의 사단성의 단체와 재단성의 단체만을 인정하고 있으며, 사업자 ‘89’ 유형은 사단성과 재단성이 없는 것으로 간주한다. 그래서 고유번호증 사업자 ‘89’ 유형의 교회가 부동산을 양도시 개인의 종교단체로서 양도소득세를 신고 납부해야 한다. 그런데 사업자 ‘89’ 유형이어도 교회는 내용적으로 사단성과 재단성을 갖춘 경우를 많이 볼 수 있다. 이 경우에도 과세청과 법원의 판례는 양도세 부과를 정당하다고 판단하고 있다.

실질과세 차원에서 안타까운 판결을 많이 본다. 하지만 사업자 ‘89’의 경우에도 판례에서 종교단체가 ‘89’를 ‘82’로 변경을 하고 매각시 비과세 혜택을 받는 경우가 있으니 참고하기 바라며 부동산을 가진 사업자 ‘89’ 유형의 교회는 전문가의 도움을 받아 신속히 사업자 ‘82’ 유형으로 변경하기를 권고한다. 종교법인의 소속단체로서 교회는 출연재산보고를 준수해야 한다. 

2) 고유번호증 사업자 ‘82’ 유형으로서 비과세 요건을 충족하지 못한 경우나 교회가 수익용 부동산을 처분했을 경우 법인세법상 처분이익의 50% 이상을 ‘고유목적사업준비금’을 설정하고 종교용도로 사용한다는 조건에서 절세를 해주는 절차가 있으니 적극 활용해야 한다.

그런데 종교단체와 비영리법인을 다루는 전문가가 자주 간과하는 것이 처분이익의 50%를 종교용도로 사용하는 절차이다. 이는 예결산과정과 통장상의 이체과정에서 고유목적사업에 이전하는 절차를 준수하라는 것이다. 마지막으로 종교법인의 소속단체로서 교회는 출연재산의 관리상의 보고의무와 외부전문가 세무확인의 절차에도 소홀함이 있어서는 안될 것이다. 
분당=이송우 국장