취득세 감면후 사후관리
지방세특례제한법 제50조에 의거 감면을 받았다고 하더라도 아래의 요건에 해당되면 감면 받은 취득세를 다시 추징하게 된다.

1) 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 : 5년 이내는 단 하루라도 수익 활동이 이뤄져서는 안된다.

2) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

교회의 부동산 보유시 검토 항목
교회가 부동산을 보유함으로 부담하는 대표적인 세금이 지자체가 부과하는 재산세와 국세청이 부과하는 고액부동산보유자 대상으로 하는 종합부동산세를 들 수 있다. 하지만 엄밀한 의미에서 살펴보면 종합부동산세의 과세대상은 재산세를 부과한 과세대상과 일치함을 알 수 있다. 그래서 부동산을 보유함으로 지자체에 납부하는 재산세를 감면받지 않는 한 종합부동산세의 감면은 생각지도 못한다.

재산세감면 : 지방세 특례제한법 50조 2항의 검토
‘종교단체가 과세기준일(6월 1일) 현재 목적사업에 직접 사용하는 부동산’에 대해 재산세를 감면한다고 되어 있다. 감면을 위한 대부분의 설명은 취득세의 감면상황과 일치한다. 여기에서 주요 검토항목은 과세기준일과 직접 사용이다.

1) 과세기준일
재산세와 종합부동산세의 과세기준일은 6월 1일이다. 단지 6월 1일 당일의 상황이 목적사업에 직접 사용과 직접 관련이 돼야 감면을 받는데, 지자체의 실무진은 5월초부터 현장을 실사하면서 직접 사용 여부를 판단하고 최종적으로 6월 1일의 상황에 대해 감면 여부를 결정한다. 그래서 교회에서는 매매계약과 무상취득의 과정에서 6월 1일 당일까지 직접 사용을 할 수 있는 소요 기간을 고려해 장기간을 필요로 하는 경우에는 매입계약을 6월 1일 이후에 하고 단기간이 소요될 경우에는 6월 1일 이전에 계약을 하는 것이 유리할 것이다.

2) 직접 사용
재산세의 ‘직접 사용’의 의미는 소유와는 별개의 문제다. 소유권자가 무상으로 임대하고 타인이 종교 목적으로 사용하는 경우에도 재산세는 감면을 받는다. 직접 사용의 의미에 대해서는 취득세에서 이미 설명했기에 생략하기로 한다.

종합부동산세와 주택보유자의 법인일반세율적용신청서 제출
종합부동산세는 국세이지만 과세물건의 원천이 지방세인 재산세의 과세물건이며 주 납세의무자는 고액부동산보유자 중에서 주로 주택과다보유자와 비업무용부동산 보유자를 대상으로 한다.

그래서 여기서 다시 강조하는 것은 종합부동산세의 원천인 재산세를 납부하는 교회가 있다면 ‘왜 우리교회가 재산세를 납부하지?’라는 일차적인 의문을 가지고 전문가와 상담해야 할 것이다.

만약 재산세를 납부하고 있다면 ‘지자체 지방세과’에 대한 계속된 설득으로 재산세 감면을 위한 노력을 하지 않는다면 과다한 종합부동산세의 부담으로 다가올 수 있다.

2021년도의 종합부동산세의 부과당시 다른 과세물건은 별다른 문제가 없었지만 주택을 보유한 종교단체의 경우 납부해야 될 세액보다 5~10배의 종합부동산세가 부과됐고, 한교총의 전문위원들이 국세청과의 조율을 거쳐 법인일반세율적용신청서를 교회가 작성해 제출하도록 했다. 그 결과 6억원의 기본공제와 일반세율의 적용을 받아 정상적인 납세를 한 경험이 있다. 신청서 제출은 교회의 권리이자 의무이다.

2022년 9월에 국세청의 종합부동산세 설명회에서 국세청에 건의해 법인일반세율적용신청서 매년 제출의 의무를 생략하고 ‘한 번의 신고’로 추가 변동이 있을 때까지 적용할 수 있도록 요청했으나 채택되지 않고 2023년도에도 신청서를 제출토록하는 제도가 그대로 시행되고 있으니 2023년도에도 신청서를 제출해야 한다.